Antes de nacer nuestro tubo digestivo es casi estéril, tan sólo hay una mínima cantidad de microbios que consiguen colarse mientras estamos en el útero, y al nacer al pasar por la vía vaginal o en caso de que se nazca por cesárea a través del primer contacto con la piel, se acoplan a nuestras mucosas gastrointestinales nuestros compañeros que nos acompañarán en mayor o menor medida durante nuestra vida. A partir de ese momento empezamos a acumular microorganismos conforme exploramos el mundo que nos rodea. Con la leche humana obtendremos los oligosacáridos (sustancias prebióticas) que permitirán la maduración de nuestra microbiota; y con la introducción de la alimentación complementaria se seguirá enriqueciendo. De modo que progresivamente iremos aumentando la diversidad de la microbiota. Y al llegar a la edad adulta será muy estable y muy difícil de cambiar durante el resto de nuestra vida. Aunque se tomen probióticos posiblemente al poco tiempo de dejarlos se dejará de tener sus beneficios porque hay una resistencia al cambio. Sin embargo, los estudios han mostrado que conforme envejecemos empezamos a perder parte de la estabilidad que teníamos cuando éramos adultos jóvenes. La composición de nuestras comunidades microbianas se vuelve más variable, incluso de un día para otro. Esto no es de extrañar ya que todo nuestro cuerpo está en proceso de cambio, y por desgracia no para mejor, como le ocurre a otros órganos como la piel, la vista o incluso sistema inmunitario, el cual depende, en gran medida, de nuestros huéspedes intestinales.
Por poner un par de ejemplos de cómo cambios anatómicos y fisiológicos pueden influir sobre la microbiota, puede producirse una hipoclorhidria, lo que unido a que es frecuente que se pierdan piezas dentales, esto repercute en que no se pueda digerir bien las proteínas, de modo que si cuando somos jóvenes a nuestras bacterias proteolíticas les suele llegar de unos 6 a 18 g de proteína al día, entonces esta cantidad se aumentará mucho más, por lo que se facilitará su proliferación y su potencial patógeno.
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